PALDIAG (2022-2024)

Le projet PALDIAG a pour objectif de développer une méthode innovante de génomique pour améliorer et alléger les diagnostics de diversité des palourdes dans deux écosystèmes côtiers, la Lagune de Thau et le bassin d’Arcachon. Au-delà du défi que représente ce projet « preuve de concept », un second défi est de tester ces méthodes dans un contexte scientifique pour envisager un transfert vers une équipe projet multi partenariale (CRPMEM, SMBT, CEPRALMAR, Prudhommie de Thau, MARBEC) et vers d’autres partenaires (CDPMEM Gironde).

Ce projet est mis en place dans un contexte différent sur les 2 sites mais pour lesquels l’apport de la génomique présente un intérêt fort en matière de connaissances. Introduite dans les années 70 dans le bassin d’Arcachon, la palourde japonaise (Ruditapes philippinarum) constitue aujourd’hui une population néonaturelle ayant supplanté l’espèce locale Ruditapes decussatus (Auby, 1993 ; de Montaudouin et al., 2016). Au niveau du bassin de Thau, l’état de la population de palourde européenne n’est pas connu mais les gestionnaires alertent sur un probable effondrement amorcé dans les années 1990 (Mazouni et al 1999).

Une fois les prélèvements réalisés, les échantillons seront traités en laboratoire. Les espèces de palourdes présentes seront caractérisées grâce au séquençage d’un marqueur mitochondrial, le COI (Cordero et al. 2014), et la présence potentielle d’hybrides sera identifiée grâce à un marqueur nucléaire (ITS2, Hurtado et al., 2011 ; Markaide et al., 2021) déjà disponibles. Les séquences obtenues permettront donc de caractériser la diversité génétique des populations actuelles et de poser des hypothèses sur l’évolution « récente » de ces populations (effet fondateur lors de l’introduction de l’espèce asiatique ou goulot d’étranglement en ce qui concerne l’espèce européenne). À Thau, une étude pilote d’ADNe sera par ailleurs réalisée. Elle permettra de tester la spécificité des amorces choisies pour caractériser les deux espèces, en mésocosme et in situ.

Ce projet PALDIAG est un projet tremplin vers un projet de recherche transdisciplinaire d'envergure (Acronyme ARCELI*) souhaité par les services de l'Etat en Région Occitanie, les gestionnaires du bassin de Thau, la communauté scientifique et les acteurs de la filière régionale occitanes de pêche artisanale. Les motivations de ce projet plus large sont fondées sur le besoin de connaissances de l’état des populations de palourdes au sein de leur écosystème, pour venir en appui à la puissance publique (réagir face aux alertes vis-à-vis de la vulnérabilité des palourdes européennes i.e. effondrement de la population de la lagune de Thau).

* ARCELI : Acronyme de « A la Recherche des Causes de l’Effondrement des stocks de paLourdes européennes en vue de leur restauratIon future »

 

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Le LERAR est impliqué dans le volet Bassin d’Arcachon. Au-delà de la caractérisation spécifique, la diversité haplotypique sera estimée et comparée avec les études précédemment réalisées en Europe (Chiesa et al., 2017 ; Cordero et al., 2014 ; 2017) afin de déterminer à quel groupe appartiennent les palourdes de ces deux bassins qui n’ont que peu ou pas été étudiées.

Financeur : Direction Scientifique de l’Ifremer

Porteur : Ifremer LERLR (Frank Lagarde)

Partenaires : Ifremer LERLR, Ifremer LERAR, LEGPM de l’UMR MARBEC

Pour le LERAR : Florence Sanchez et Nathalie Caill-Milly

Contact : Sylvie Lapègue (MARBEC – LEGPM)